可以，由于公司运作困难，以个人名义借款给公司，现在公司资不抵债。虽然是股东，但是公司与股东在财产上具有独立性，股东可以以债主的名义起诉公司，让公司还钱。
根据《公司法》第三条规定，有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任。你作为股东，与公司是独立主体，公司财产是公司财产，个人财产是个人财产，股东之间不会相互承担责任的。
既然借款给公司，那么公司承担还款责任。公司作为独立的法人，独立承担责任。其他股东在其出资范围内对借款负责。