原则上已经认证的发票不允许对方作废。但是实际上有时候在沟通不畅的时候，会出现一方认证一方作废重开的情形。处理办法是，认证方做进项税转出即可。但是发票不能退给对方，对方作废之后没有作废发票在手边，对于税务的发票专项检查需要出具说明。因此这需要购销双方功能协调。
当然还可以让销售方次月开红字发票的方式处理。这种方式非常规范，但是稍稍有点麻烦而已。不过稳妥起见，我建议采用次月红字发票的方式。
法律依据：
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》