医院在处理医疗纠纷的时候首先可以医患双方进行协商调解，调解不成的，医患任何一方均可向主管卫生行政部门提出处理请求。
卫生行政部门受理后会指派专人妥善保管原始资料，封存有关医疗物品，组织工作人员展开调查，并形成文字材料。
调查研究后，卫生部门会给出处理意见，一般会再次协商调解。协商不成的，会建议则建议患者或家属诉诸三级医疗事故鉴定委员会，进行鉴定。